A különböző antropogén hatások és természeti folyamok következtében jelentősen lecsökkent a vízi élőhelyek területe a Mosoni-Duna torkolati szakaszán és a csatlakozó mellékágakban. Ezért szükséges a meglévők megőrzése, megszűnésük megakadályozása, illetve a még rehabilitálhatók helyreállítása.
A magyarországi Felső-Duna egyébként is aktuális komplex rendezési igénye a Bősi vízlépcső üzembe helyezését követően sürgető feladattá vált. A különböző változatoknál a hajózási, árvízvédelmi, vízminőségi, vízbázis védelmi, üdülési, rekreációs szempontok mellett meghatározó feladat a mellékágrendszerek, valamint a holtágak, a korábbi nedves területek rehabilitálása, továbbá a mellékvízfolyások torkolati szakaszának rendezése.
A Dunán bekövetkezett vízszintcsökkenés a Mosoni-Duna vízszintjeit is csökkentette azáltal, hogy a dunai kisvizek leszívják a Mosoni-Duna vízszintjeit.
A referencia időszaknak tekintett 50-es, 60-as évekhez képest a Mosoni-Duna torkolatánál a kisvízszintek közel 2 métert süllyedtek, ez Győrnél a Rába torkolatánál pedig közel 70 cm-t jelent.
Ennek eredményeként a hajózás mára teljesen ellehetetlenült, a folyó alsó szakaszán a holtágak, mellékágak kiszáradtak, a vizes élőhelyek visszaszorultak, a győri városképet meghatározó vízpartok esztétikai értékükben jelentősen romlottak.
A Mosoni-Duna Győr-Gönyű Országos Közforgalmú Kikötőt érintő alsó két kilométeres szakaszán, a VI.B hajóút biztosítása miatt túlkotort meder feliszapolódása folyamatos, évente nagyságrendileg 50-70 ezer m3 iszap rakódik le, amelynek eltávolítása tetemes fenntartási költséget jelent, amelyet az állam csak töredék részben tud finanszírozni.
A projektben a Mosoni-Duna torkolatának áthelyezése, és egy árvízkapu építése kerül megvalósításra, kapcsolódó/kiegészítő beruházásrészekkel együtt.
1. Elsőrendű feladat a Duna vízszintsüllyedésének hatására lesüllyedt kis- és közepes vízszintek, valamint a Duna megtámasztó hatásának visszaállítása.
A kis- és közepes vízszintek visszaállításával lehetővé válik a
• 2. vizes élőhelyek rehabilitációja,
• 3. a jogszabályi hajózási lehetőség továbbra is biztosított lesz,
• 4. győri városkép javítása, valamint a
• 5. „Mosoni-Duna és Lajta folyó térségi vízgazdálkodási rehabilitációja” és a „Szigetközi mentett oldali és hullámtéri vízpótló rendszer ökológiai célú továbbfejlesztése” tárgyú projektek céljainak maradéktalan teljesülése.
A projekt további célkitűzése, eredménye:
• 6. a Mosoni-Duna torkolatának áthelyezésével, és a torkolatáthelyezésbe kerülő műtárggyal a Duna árvizeinek részleges kizárása megtörténhet (árvízkapu
funkció), valamint
• 7.a műtárgy megépítésével a Győr-Gönyű Országos Közforgalmú Kikötő medencéssé válik